毛细管电色谱仪（capillaryelectropharesisspectramete）是一种用来辅助完成毛细管电色谱的仪器。
其中毛细管电色谱是在毛细管中填充或在毛细管壁涂布、键合色谱固定相，用高压直流电源（或辅加一定的压力）代替高压泵，即依靠电渗流（EOF）来推动流动相，使中性和带电荷的样品分子根据它们在色谱固定相和流动相间分配系数的不同和自身电泳淌度的差异而达到分离分析的一种电分离模式。
毛细管电色谱仪的基本原理：
1.微型分离技术
2.micro-HPLC和CE的结合
3.电渗流(EOF)为流动向的推动力
4.二维分离机理：液相色谱和电泳之和（分配和电泳淌度）
毛细管电色谱仪的基本组成系统为：
1.紫外（UV）检测器和激光诱导检测器（LIF），电色谱整体柱，Z-型流通池
2.进样/定为系统
3.点色谱整体柱或者毛细管恒温系统
4.加压泵
5.高压电源
6.控制器
毛细管电色谱仪的优点
1.它可以使用毛细管、毛细管电色谱整体柱或者毛细管填充柱
2.紫外检测器和激光诱导检测器可以方便的切换
3.紫外检测器使用普通流通池也可以使用Z-型流通池
4.需样量仅2nL，方法的重现和准确性很高
毛细管电色谱仪的用途：
1.分析生物活性肽
2.中草药
3.多糖等的成分分析.
4.建立中草药的指纹图谱.
5.药品的质量监控等.